Kajian kitab adalah merupakan program unggulan di SMA Hatoy sebagai perwujudan salah satu visi misi SMA Hatoy membentuk generasi yg unggul dalam imtaq yg diantaranya mengkaji kitab kuning dan kitab2 lainnya. Program ini dibawakan oleh kepala sekolah H. Apit Sudrajat,Lc setiap hari sabtu pagi untuk kelas XI dan XII Fullday maupun Boarding. Program ini juga bertujuan untuk membentuk karakter setiap santri agar menjadi pribadi yang lebih baik.